HORVÁTH MIHÁLY, az ellene később felségsértés miatt emelt vád szerint, «az 1849 április 14-i felsőházi ülésen Magyarország függetlenségi nyilatkozata tárgyában helyeslőleg résztvett; április 17-én a magyarországi kath. püspököknek a királyhoz való hűségre serkentő pásztorlevele ellenében egy igen lázító s a felséges uralkodóház irányában sértő tartalmú ellennyilatkozatot tett közzé; s május 2-án a kormányzóvá kikiáltott Kossuth Lajostól kultuszminiszterré kineveztetését elfogadta». Kossuth valóban már április 15-én gondolt Horváthra, mint vallás- és közoktatásügyi miniszterre s ennek híre a közönség közé is kiszivárgott; de aznap Horváth mint csanádi püspök még csak mint kérelmező fordult a vallás- és közoktatásügyi minisztériumhoz, voltaképpen a honvédelmi bizottság kultus-osztályához, hogy Szegedre áttett szemináriuma 16 papnövendékének ellátásáról gondoskodjék, mert «a lelkészekben különben támadható hiány, kivált a bánságban volna igen sérelmes nemcsak az egyházra, hanem nemzeti ügyünkre nézve is, miután ott a kath. vallást nemzeti ügyünkkel azonosnak méltán tekinthetni.» Kossuth csak másnap szólította fel Szemerét a miniszterelnökség elvállalására s ettől fogva élénken tárgyalt «a szabad Magyarország első minisztériumának» megalakítása iránt. Ennek nehézségeire a még vonakodó Szemere is figyelmeztette. «Hazafi – úgymond – van elég, bátor ember kevesebb, munkás és belátó férfiú ritka. A forradalom nem hozott elő új embereket, a régiek legkitünőbbjei elnémultak vagy elporlottak.» Aznap Kubinyi Ferencz már megtette indítványát a képviselőházban, hogy a kormányzó s a kinevezendő miniszterek esküt tegyenek az alkotmányra; de Kossuth 22-én ugyanott kijelentette, hogy Verbőczy törvényeinek korlátai közt nem menthetik meg a hazát, hanem tekintetbe kell venni a forradalmi időket; s a Ház valóban elégnek tartotta, ha csak az ország függetlenségének s épségben tartására esketik meg őket. Azonban időbe került, míg a kijelölt miniszterek: Szemere Miskolczról, Vukovics Léváról, Csányi Erdélyből stb. Debreczenbe érkeztek; és sok időbe került, míg Kossuth és Szemere a kultusztárcza dolgában megállapodhattak. Maga Horváth írja, hogy ezt már 1848 márcziusában gróf Teleki Lászlónak szánták azok, kik Eötvösnél népszerűbb embert óhajtottak a nevelés ügyének vezetésére; most pedig Horváth helyett sokan inkább báró Perényi Zsigmondot, báró Jósika Miklóst vagy Bezerédj Istvánt szerették volna látni azon a helyen; de mint végleges jelölt, maga Horváth ismertethette azokat a nehézségeket, a mikkel a minisztérium megalakítása nem annyira a személyek megválasztása, mint inkább a kormányzó és a minisztérium közti viszony s a felelősség megállapítása miatt járt. Mikor a zárt értekezlet arra a nézetre jutott, hogy ezt a viszonyt az országgyűlésen szabályozni nem kell, Szemere lemondott a megbizatásról, szekeret fogadott, hogy hazamenjen Miskolczra, s báró Kemény Zsigmond és Kazinczy Gábor szerint «a többi designált miniszterek használván a jó alkalmat a menekülésre, Horváthon kívül készülődni kezdtek a privát élethez». Annak azonban, hogy Horváth Mihály nem őrízte volna meg az együvétartozást társaival, ellene mond az a tény, hogy április 28-án a felsőháztól a távozásra néhány napi szabadságot kért és kapott. Kossuth különben a jelölteket maradásra bírta azzal a kijelentésével, hogy a minisztériumnak szabad kormányzatot biztosít, saját rendeletei csak az illető miniszter ellenjegyzésével érvényesek, s ő mint kormányzó, a parlament tanácskozásain többé nem jelenik meg. Másnap zárt ülésen el is búcsúzott a képviselőháztól.
Május elsején a kormányzó a nemzetgyűléstől reá ruházott hatalomnál fogva kinevezte a minisztériumot. A minisztertanács elnöke és belügyminiszter Szemere Bertalan lett; a külügy és ideiglenesen a kereskedelem gr. Batthyány Kázmérnak, a pénzügyi Duschek Ferencznek, a közlekedés Csányi Lászlónak, a vallás- és közoktatás Horváth Mihálynak, az igazságügy Vukovics Sebőnek jutott. Hadügyminiszterré Görgey Arthurt csak egy hét mulva, május 8-án nevezhette ki. Ezt ugyanazon napon kelt izenetében közölte a törvényhozással és helybenhagyás végett tudatta vele azon pontokat, melyekben a kormányzat alkotmányos biztosítékaira nézve a miniszterekkel eleve megállapodott.
Másnap a képviselőház meghallgatta az elnök üzenetét s annak elveit a maga elveinek nyilvánította. A miniszterek nem voltak mind jelen, mikor Szemere elnök kijelentette, hogy a minisztérium forradalmi, köztársasági és demokratikus irányú kormány. A felsőházban még aznap Vukovics igazságügyminiszter ismételte ezt a kijelentést. Mind a két ház ellenmondás nélkül, sőt lelkesedéssel fogadta a bemutatkozást; pedig a miniszterelnök s vele kétségkívül az egész minisztérium kedvetlenül, csupán kötelességérzetből foglalta el a helyét. «A minisztériumot – szólt Szemere három hét mulva – odarántottam a reszpublika és a demokráczia szélére, valamint a nemzetgyűlést is; és ez nekem elég.» Horváth Mihály szerint Szemere (és – hozzátehette volna – Vukovics) beszéde «magát a kormányzót s a többi minisztereket is meglepte; nem, mintha azzal, elvileg, egyező véleményben nem lettek volna; hanem mivel az előleg senkivel sem közlött programmban oly dolgok mondattak, melyekről szintúgy, sőt még inkább kétségbe vonható vala, mint a függetlenségi nyilatkozatról, vajjon alkalmas-e az idő azokat most elmondani?» «A meglepett miniszterek a kisebbséggel óhajtották, bár ne lett légyen kimondva a reszpublika szó, minek a fennforgó körülmények közt nem várhatták kedvező eredményét.» A szó azonban ki volt mondva s Horváth e naptól fogva egy forradalmi és demokratikus irányú kormány tagja volt, a mit különösen feltűnőnek találtak nála, a magyar Talleyrandnál. A feltűnést növelte, hogy május 14-én a ref. nagytemplomban tartott 3. vegyes ülésben a kormányzóval és minisztertársaival püspöki díszben esküdött fel «a nemzet függetlenségi nyilatkozatának minden következményeiben való fenntartására s engedelmességre a nemzetgyűlés törvényei és határozatai iránt és hogy azoknak foganatot szerez.» A kath. klérusból rajta kívül még Bémer váradi püspök és egy kanonok volt jelen. «Ezen áhitatos urak jelenlétében – írta Mészáros Lázár, a volt hadügyminiszter – a protestáns püspök valóban buzgó, hazafias és vallásos ihletű szép imát mondott el, a melyet az egész országgyűlés buzgó figyelemmel kísért.»