V. A Czoborok további sorsa a család kihaltáig.
A mohácsi veszedelem (1526.) az egész magyar alföld történetében forduló pontot képez s az alföld rosszra fordult sorsában osztoztak a déli vármegyékben birtokos családok is. Bács- és Bodroghvármegyék, melyek határai közt a Czoborok ősi jószágai elterültek, a mohácsi vész után a törökök dúlásainak estek áldozatul, s az itt levő magyar községek lakosai részint a harczokban vesztek el, részint a felsőbb vidékekre költöztek.
A Czobor család jószágai is ekkor mentek itt veszendőbe, a család tagjai azonban nem pusztultak el, hanem szintén biztosabb vidékekre költöztek. Ezen átköltözésre nézve semmi biztos értesülésünk nincsen. Valószínű, hogy a családnak már a mohácsi vész előtt voltak a felvidéken is birtokai és így lehetséges, hogy a családtagok a mohácsi veszedelmet követő zavarok elől lassankint oda költöztek. Ugyanis már I. Mihályról tudjuk, hogy a bács- és bodroghmegyei birtokokon kívül volt jószága, a baranyai birtokokat nem is említve, a komárommegyei Kolthán és a borsodmegyei Kint helységben, maga pedig mint Budavár kapitánya az 1458–67. évek táján a bácskai részektől szintén távol lakott. Fia I. Imre, a ki előbb Bodroghmegye főispánja is volt, birta a felvidéken Besenyőt és Sólyomot s 1515-ben az oppelni herczegség kormányzója levén, szintén távol lakott ősi szülőföldjétől.
A mohácsi veszedelem idején a családból I. Mihály fiai: Imre, V. János, Márton és III. Miklós voltak a család fejei, de hogy ezek közül részt vett-e valamelyik a mohácsi ütközetben, nem lehet tudni; valamint egyáltalán az sem bizonyos, hogy e tájban mely birtokaikon laktak vagy tartózkodtak.
A török hódítás első éveiben a család e tagjai azonban már többé nem szerepelnek, valószínű tehát, hogy mind e tájban haltak el, helyet engedve a fiatalabb nemzedéknek. A mohácsi vész után tovább virágzó Czobor családnak első szereplője és megalapítója Cz. Imre fia: Gáspár volt, a ki a Zápolya János és I. Ferdinánd királyok közötti viszályban ez utóbbinak pártjára állott s talán ennek köszönhette családja fenmaradását s későbbi virágzását. Cz. Imre a hadi pályán működött, életéből azonban csak annyit tudunk, hogy Ferdinánd király hadaiban részt vett 1528-ban Trencsén bevételénél, 1537-ben pedig Zsámbokrét várának elfoglalása alkalmával annyira kitüntette magát, hogy a szokásos subsidium fizetése alól fölmentetett.
Családjának további történetét hazai genealogusaink, főleg pedig Nagy Iván, telhetőleg részletesen előadták s részint ezért, részint pedig, mivel a család ezutáni élete a Bácskával úgyszólva semmi összefüggésben nincs, a következőkben a család történetét csak főbb pontjaiban fogjuk érinteni s részletezésbe csak ott fogunk bocsátkozni, a hol a Czoborok élete a Bácskával ismét érintkezésbe jő.
A XVI. században Cz. Gáspárnak több gyermekét látjuk szerepelni. Fiai közül I. Pál 1572–88-ig a nyolczados törvényszék birája volt, bárói rangot nyert, gyermeke nem maradt; VII. János katonai pályán szerepelt s elesett Babocsa váránál 1556-ban; György nevű fiáról, továbbá Anna és Zsófia leányairól mit sem tudunk; legnevezetesebb gyermeke s a család folytatója: II. Imre volt.
II. Imre 1567-ben táblai biró volt, 1572-ben pedig alnádorrá neveztetett ki. Birtokokat szerzett Somogy- és Sopronmegyében. Ő volt az 33első egyúttal, a ki a török hódítás folytán elvesztett bácskai családi javakat visszaszerezni iparkodott. 1579-ben ugyanis az egri káptalan előtt szerződésre lépett Szegedy Ferencz egri hadnagygyal arra nézve, hogy ez a Czobor-féle bácskai jószágokat embereivel foglalja vissza, gondozza és a szokásos úrbért a birtokok lakosaitól szedje be, kikötvén, hogy az ekként begyűlendő jövedelemből egyharmadrész Gergelyt, kétharmadrész pedig Cz. Imrét illeti. Volt-e sikere e vállalkozásnak, arról nem értesülünk. Cz. Imre 1580 táján halt meg; három gyermeke közül Erzsébet, Thurzó György nádor neje, a ki férje halála után Árvamegye főispáni tisztét is viselé, birta Zólyom és Dobronyiva várakat; II. Mihály kir. táblai ülnök, később báró, az 1604. és 1609. országgyűlésen szerepelt, továbbá részt vett Forgács Zsigmond vezérlete alatt az erdélyiek elleni táborozásban; második neje Thurzó Zsuzsa volt, a kitől Imre (IV.) fia született, ennek ága azonban leányaiban kihalt. (Lásd II. tábla.) Harmadik fia II. Imrének II. Márton volt (neje Nádasdy Orzsolya), kinek két fia maradt:
III. Imre és III. Márton. Ezek közül III. Imre 1625 körül kezd szerepelni, midőn az ez évi országgyűlésen a komáromi határvizsgálati választmány tagjául és a fölebbezési törvényszék ülnökéül neveztetett ki. 1630-ban már főtárnokmester. Birta Ugocsában Nagy-szőlőst, 1656-ban pedig királyi adományként nyerte Holics és Janin uradalmakat. Nejei: Révay Éva, Thurzó Bóra és Bánffy Zsófia voltak. Fiai, Bálintot kivéve, utódok nélkül haltak el. Leányai közül egyik Thurzó Szaniszló neje volt. (L. II. tábla.)
A család további folytatójának Cz. Bálintnak (1647.) egy fia, Ádám, és Éva, Anna, Judith nevű leányai maradtak. II. Ádám jeles katona, a nagy Zrinyi Miklós tanítványa volt; harczolt a törökök, francziák ellen és tábornokságig emelkedett. A lázongások idején I. Lipót királytól elpártolván, az elégületlenekhez állott, kiknek részéről 1684-ben Pozsonyban Lothringeni Károly hg. és Abele Kristóf gr. királyi meghatalmazottak előtt tért át a király hűségére vissza. 1685-ben Érsekujvár megvétele végett a Komáromba gyűlt sereghez csatlakozott s részese volt a győzelemnek, melyet Lothringeni Károly hg. ekkor Ibrahim vezéren nyert. Meghalt 1692-ben, több leánya és egy fia maradt:
Márk, a ki tábornok és királyi főajtónállómester volt 1715–23-ig. Részt vett a Rákóczy elleni háborúban s 1704-ben a gerencséri ütközetben a kuruczokkal szemben megmenté Heister tábornok életét az által, hogy a hajdút, a ki az ütközet hevében a tábornokra halálos csapást mért, lelőtte.
E közben másfél százados viszontagság után Magyarország alsó részei felszabadulván a török uralom alól, e vidéken 1699 óta a vármegyék ujjászervezése s a régi birtokok visszacsatolása az e czélra az 1715. évi országgyűlés által kiküldött u. n. újszerzeményi országos bizottság (neoacquistica comissio) által megkezdetett. E bizottság, melynek egy része 1716-tól fogva Szegeden, gr. Volkra elnöklete alatt működött, a kormány intentióihoz híven azt tervezte, hogy a múlt háborúk költségeinek némi megtérítése fejében úgynevezett «mixta donatio»-k által magánosokra fogja átruházni a visszakerült birtokokat és az innen befolyandó összeggel fogja kárpótolni a teljesen kiürült katonai kincstárt. A szegedi küldöttség első sorban a régi birtokosokra volt tekintettel, kik ha birtokjogukat igazolni tudták és jószágaiknak ismét uraivá akartak lenni, tartoztak a viselt háborúk költségeinek megtérítése fejében, a birtok arányához képest, felsőbb helyen kivetett bizonyos összeget a királyi kamaránál lefizetni s ekkor mixta donatio, vagyis királyi kegyelem és a lefizetett pénzösszeg révén új adomány gyanánt kapták vissza egykor elvesztett uradalmaikat.
Mikor és hogyan fordult Cz. Márk e bizottsághoz az iránt, hogy őseinek egykori bácskai birtokait visszadják, nem tudjuk, tény azonban, hogy ő, a ki már 1722-ben Bodroghvármegye főispánjává neveztetett ki, 1727-ben az úgynevezett bajai uradalmat, mely Baja városból, Szt.-Iván, Bikity, Gara, Vaskút és Bátmonostor helységekből és tíz pusztából állott visszanyerte. Ugyanez év okt. 6-án szerződést kötött Baja városával, mely szerint érvényben tartja annak királyi szabadalmait, és Istvánmegye s Szurduk pusztákat egészen, Vaskut, Vranyos és Csávoly pusztákat pedig részben átengedi a városnak évi 15600 frt haszonbér fejében. A többi birtokokat, melyekhez a tiszta kir. adományként nyert Almás, Matheovics, Hegyavicza, Jankovácz, Ivánka, Hölcs és Roglaticza nevű helységek is tartoztak, bizonyára egyeseknek adattak bérbe. Cz. Márk 1728-ban húnyt el s nejétől Lichtenstein Antonia herczegnőtől József nevű fia és Antonia leánya maradtak, a ki Cordona hg. neje lőn.
A Czobor család utolsó férfi sarja, József, pazarló és költekező főúr levén, már az által is nehéz helyzetbe jutott, mert atyjától a nagy birtokokon kívül nagy adósságot is örökölt. Atyja ellen bizonyos Leeb József nevű hitelezője 172,663 34frt erejéig pert folytatott s meg is nyert éppen a tájban, midőn Cz. József 1729-ben a bajai uradalmat 5700 frtért Berdeczky Ignácznak adta bérbe. Néhány hónap múlva, szept. 7-én azt önkényűleg ismét másnak, t. i. Radics János bácsvármegyei alispánnak engedte által, a miből az illetők közt szintén per támadt. E közben a Leeb-féle tartozásra nézve 1731-ben végrehajtás folytán a bajai uradalom jövedelmei lefoglaltattak s innen fogva a 65,000 forintra becsült uradalom Leeb özvegyénél maradt zálogképen mindaddig, mígnem József gróf 1741-ben kamarai engedély alapján azt br. Vay Lászlónak és Orczy Lőrincznek 14,000 frtért el nem adta.
Cz. József, a ki Pesten 1771-ben halt el, végső éveiben szegénységre jutott s állítólag ama kicsiny nyugdíjából éldegélt, melyet neki Mária Terézia királynő adott; mert mint egyik életírója mondja: «szertelen pompákra pazarlá el szép uradalmait s vénségére teljesen kimerült; halála után pedig hidegen temette el emlékezetét a maradék.»