Az egyesült ung-felső-zempléni egyházmegyéhez 67 anyaegyház tartozott, mely egyházak közigazgatási, illetőleg egyházlátogatási szempontból négy körbe voltak beosztva. Az egyesült egyházmegye élén egy esperes állott, mellette két gondnok lévén, egy az ungi, egy a zempléni részen, az assessorok választásánál is figyelemmel voltak arra, hogy számuk annyi legyen amott, mint itten. Azonban az egyesülés alig fél századig maradt fenn. Már 1831-ből ilyen feljegyzést találunk: „Midőn 1831 márcz. hava 10. napján Deregnyőben tartatott Part. consistorium alkalmatosságával a f.-zempléni és ungi egyesített tractusok egymástól való elválások iránt tett régi kérdés megújittatott volna, ezen kérdésnek a főtiszteletű által leendő végelhatározásaig a rendes esperesek megtétele függőben maradván.” De az egyházkerület még akkor nem engedte meg, hogy az egyesült egyházmegyék ez uniója felbomoljék. Ez csak 1849-ben történt meg. Ugyanis junius 12-én tartott közgyűlésében a következő határozatot hozta: „1849 június 12. s több napjain tartott egyházkerületi közgyűlés jegyzőkönyve 49. pontja határozott a F.-Zemplén és Ung által beadott folyamodások felett oly módon, hogy ezek két önállású megyévé alakítandók, még pedig a kérdéses nyolcz egyház polgári megyénél fogva Zemplénhez csatoltatik. Az okok: mert már a természet különíti el folyamai által, mert a megyéknek kisebb körökre való felosztása, a választások szabadabb gyakorlása, a közigazgatás gyorsabb és czélszerűbb elintézése, végrehajtása elvét nem sérti, sőt előmozdítja a két egyházmegyének egymástóli elválása, mert a felsőbb rendeletek is csak úgy eszközölhetők gyorsabban, ha mindenik egyház polgármegyeileg megtartja állását.” Ezen magasabb elv követelte osztozkodások eredménye im tehát az lett, hogy utoljára is a huszonnyolcz kis és szegény egyház magára maradt és felsőzempléni egyházmegye néven megalakult. Igaz, hogy közigazgatási szempontból előnyösebb, ha az egyházmegye kevesebb számú egyházból áll. De az egyházmegyét nemcsak ez oldalról kell elbírálni. A közigazgatás egyik kereke az anyag, a pénz; kevés számú, szegény egyház nem bírja a közigazgatás költségeit; kevés számú egyházak közpénztárai, fentartási alapjai csak üresek vagy fogyatékosak lehetnek, ennek hátrányait mindíg érezte a huszonnyolcz egyházból álló egyházmegye; de érezte azt is, hogy most még nehezebben tarthatja magát az idegen vallású és fajú területbe ékelten, mint azelőtt, midőn a nagyobb egyházak impulzust adtak a kisebbeknek, és midőn a gyengébbre mindíg biztató vala, hogy velük erős, népes egyházak állanak közösségben. De a lelkészek előmenetelére is csak hátrányos volt ez a szétoszlás. Az egyházmegyékben ugyanis mindíg megvolt helytelen, de hagyományos szokás, hogy a más egyházmegyék lelkészei előttök külföldiek voltak, a mit különösen a lelkészválasztásnál lehetett tapasztalni. Így a kis egyházmegye sok jeles, kiváló lelkésze oda volt szorítva a huszonnyolcz egyházból álló egyházmegye határai közé; jobb, népesebb egyházba, vagyis más egyházmegyébe alig juthatott, míg 1799-ig kilenczvenöt, később hatvanhét anyaegyház állott előtte, hogy azok közül valamelyikbe, talán a legfényesebbe előléphessen. A zemplén-ungi egyházmegyék esperesei és gondnokai ezek voltak: Palóczi György 1810-ig, Liszkay Sámuel abarai lelkész 1810–1831, Jászai Mihály 1831–1850. Gondnokok a felső-zempléni részről Szemerei Szemere Albert 1799., Szemerei Szemere István 1800–1814., Kazinczi Kazinczy István 1814–1827., Egerfarmosi Kandó Gábor 1818–1832., Vásárosnaményi és Nagylónyai Lónyay Gábor 1831. Gondnokok az ungi részen: Palóczi Horváth György 1827-ig, Palóczi Horváth Simon 1827-től még a szétválasztás után is.
1799-től tehát a Zemplénmegye területén levő egyházak két egyházmegyébe tartoztak, részint az alsózemplénibe, részint a felsőzempléni-ungiba, később a felsőzemplénibe. Külön háztartásban élve, a budai kánonok szerint kormányozták magukat, de ezen kánonoknak némely pontjait, vagy bővítve, vagy azok helyett másokat használva, a szerint, a mint azt a felettök álló egyházkerület szabályrendelettel megállapította. Így pl. 1838-ban végképpen eltöröltetett a papmarasztás, mely pedig a budai kánonokba is be volt foglalva. 331Átélték azután e kánonok alatt a későbbi időket, a szabadságharczot, majd az alkotmányt felfüggesztő nehéz napokat, de a budai kánonokban kifejezett azt a határozatot nem érhetvén meg, hogy tíz évenként országos zsinat tartassék; csak 1881. évben következett ez be, a mióta 1891-ig majd az akkor Pesten alkotott törvények szerint igazgatja magát mind a két egyházmegye. A mindkét alkalommal alkotott törvény az 1791-iki budai kánonok alapján mozog, azzal a különbséggel, hogy az abban még benfoglalt házassági kánonok ezekben már nem találhatók, és hogy most már az erdélyi kerület is be van keblezve a magyarországi egyetemes egyház testébe; végül, hogy 1881-ben megalakult az országos közalap, mely mind a két egyházmegyével nem egyszer éreztette jótékony hatását; a paritás most már minden vonalon teljes; teljes a zsinat-presbiteri rendszer. Az egyházak népessége szerint presbiteriumot, gondnokot, lelkészt az egyházközség választ. A presbiterium őrködik az egyház anyagi és szellemi ügyei felett, ő választja a tanítót, a felsőbb egyházi hivatalnokokat, az esperest, az egyházmegyei gondnokot, a tanácsbírákat, a jegyzői kart. Az esperes felügyel az egyházakra, azok hivatalnokaira, e végett évenként vagy maga, vagy másokkal (tanácsbírák) egyházlátogatást tart. Egyházmegyei közgyűlés évenként kétszer, tavaszkor és őszkor van, a hol az egyházak minden fenforgó ügyeit elbírálják. A vizitácziót a felsőzempléni egyházmegyében előbb három, most négy körbe osztva ejtik meg, az alsózempléniben ötben. A tavaszi gyűlés mint a két egyházmegyében állandó, csak az őszi megy sorrend szerint: az előtt mindkét gyűlés más-más egyházban folyt le, de ennek hátrányait az egyházmegye közönsége belátta, ezért a felsőzempléni tavaszi gyűléseit Sátoraljaujhelyre, az alsózemplénit Sárospatakra konczentrálta. Esperesek voltak a felsőzempléni egyházmegyében: 1850-től folytatólag 1855-ig Jászy Mihály deregnyői lelkész, Laky András izsépi lelkész 1855–1882-ig, Kálniczky János mihályi 1882–1894-ig, Fejes István sátoraljaújhelyi 1894–1898-ig, Sárkány Imre gálszécsi 1898–1900-ig, Hajzer Endre hardicsai 1900–1901-ig, Hutka József 1901-től máig. Gondnokok: Cseley János, Dercsényi Kálmán, Bernáth Elemér 1875-től máig. Az egyházmegye jelenleg a következő 29 anyaegyházból áll, melyekhez több filia és szórvány tartozik: Abara, Bánócz (filia Vásárhely, Morva), Bodzásújlak, (f. Garany), Csernahó, Deregnyő (f. Szalók), Gálszécs (fiókegyház: Kohány, Gerenda, Visnyó), Gercsely (fiókegyház: Kiszte, Kelecseny, Velejte), Hardicsa, Homonna, missziói egyház (missziói főbb pontok: Mezőlaborcz, Szinna, Varannó), Kisazar (társegyház: Nagyazar; (fiókegyház: Zebegnyő, Szécskeresztúr), Kisbári (f. Nagybári), Kisráska (f. Hegyi), Kolbása (szórványok: Beér, Kótajpuszta, Hegyalja, Danczpatakmajor), Ladmócz, Lasztócz (f. Nagykázmér), Lasztomér (fiókegyházak: Dénesújfalva, Füzessér, Izbugya, Kisráska, Krasznócz, Gödrös, Gáborpuszta, Mocsár, Nagymihály, Nátafalva, Petrócz, Oreszka, Rebrin, Sámogy, Sztára, Sztrázs és Bethlenpuszta, Tarna, Topolyán, Troganopuszta), Legenye, Magyarizsép (fil. Cselej, fiókegyh.: Egres, Pelejte, Kisruszka, Upor), Magyarsas, (filia Szürnyeg, Imreg, fiók: Czéke), Málcza (fiók: Dubróka, Falkus, Kácsánd, Márk, Petrik), Miglécz (fil. Vécse), Mihályi (fil. Kiskázmér), Nagyráska, Nagytoronya (fil. Kistoronya), Sátoraljaújhely (fiókegyház: Hosszúláz, Széphalom), Szöllőske (fil. Szerdahely, Borsi, Bodrogszög), Tussa (fiókegyh.: Kisbosnya, Hoór, Parnó, Tehna, Tussaújfalu), Zemplén (fiókegyh.: Kisújlak, Pálfölde, Szentmarja). 1850-től tehát a következő változás állott elő: Az akkori 18 anyaegyházból Szilvásújfalu végkép elveszett, de anyásíttatott Kolbása és poraiból újra fölemelkedett Homonna.