Maga jegyezte meg, hogy könyveit hagyja maga után gyermekek helyett. Valóban az irodalmi vita terén is első bajnoka volt egyházának s hatalmas könyvekkel szállt szembe az ellenvéleményűekkel. Első volt ezek közt a Praeconium evangelicum két kötete, majdnem ezer-ezer ívrétű lapon (Gyulafejérvár 1638 és 1640) az egész évi vasár- és ünnepnapi evangéliumokat magyarázó prédikációk, számra 212, latin nyelven, nagyrészt polemikus tartalommal a zsidózók, unitáriusok, anabaptisták és katholikusok ellen intézte. E felekezet részéről ugyanis még pár évtizeddel előbb Enyedi György szuperintendens és Csanádi Pál kolozsvári tanár irodalmi harcot indítottak a szentháromság dogmája ellen írt munkáikkal. Csanádit már egyszer, 1617-ben Gyulafehérvártt, Bethlen Gábor és udvara jelenlétében tartott vitatkozáson elnémította Keserűi Dajka, azóta irodalmilag is többen feleltek az unitáriusoknak, de legtöbb készülettel és buzgósággal maga Geleji. Miután a zsidózókkal végzett, 1641-ben Kolozsvárt az unitáriusokkal rendezett nagy vitatkozást, melyen a fejedelem is megjelent családjával és egész udvarával; az unitáriusok részéről Csanádi vitte a szót; a lelkipásztorok, okúlva a szombatosok esetéből, nem mertek eljönni, csak az iskolatanítókat küldték, s így Gelejinek és Bisterfeldnek könnyű volt a diadal. E vitatkozáson előadott érveléséből támadt a Titkok titka című, nagy, rendszeres cáfoló munkája, Enyedi György okoskodásai ellen, a szentháromság tanának védelmére, Rákóczi György fejedelemnek ajánlva. A könyv nagy theologiai jártasságának műve, maró és csúfondáros polemiával, pedáns dialektikával, az ó- és újtestamentumi tanulságok, példák, tekintélyek szabályszerű alkalmazásával dogmatikus tételekről, de morális eszmék nélkül. A mit ebben el nem mondott, s a mi mondani valója a többi felekezetek ellen is volt, mindazt Válság titka című munkájába foglalta, mely három rengeteg nagy negyedrétű kötetben a váltság művét, tehát Krisztus eljövetelét, életét, szenvedéseit és megdicsőülését fejtegető kétszázhuszonnyolc prédikációból áll. Nem igazi, lelkesítő, szívemelő szentbeszédek ezek, hanem sivár polemiák, a szentírásból okoskodó, cáfolgató prédikációk a »tévelygők« ellen, nagy dialektikával, erélyes, szinte kopogó sarkú stílusban, de kevés erkölcsi emelkedéssel, melegséggel és érzéssel. Az isten iránti szeretet inkább a többi hitűekkel való vetélkedésben nyilatkozik. A nyelv bő és áradozó, gyökeres magyarságú, szemléletes, olykor drasztikus, eredeti kifejezésekben gazdag, halmozott jelzőivel, megrakott körmondataival nehézkes kissé cikornyás és körmönfont, de erős és egyéni.