Dresdai levelek. Athenaeum 1839: Emlékezés Késmárkra. I. Athenaeum 1841 – a két írás együtt in: Tanulmányok. Bp., 1881. 368 l. 2. kiadás.
Magyar váltó- és kereskedelmi törvények. Lőcsén, 1843. 120 l.
Tájékozás a magyar nyelvtudományban. Pest, 1852. 147 l.
Finn olvasókönyv. Első kötet. Finn olvasmányok a finn nyelvet tanulók számára. Pest, 1861. 580 l.
Reguly Antal hagyományai. A magyar tudományos Akadémia megbízásából kiadta Hunfalvy Pál. I. kötet. A vogul föld és nép. Reguly Antal hagyományaiból kidolgozta Hunfalvy Pál. Pest, 1864. 364 l.
Utazás a Balt-tenger vidékein. I–II. Pest, 1871. 427 l.; 454 l.
Reise ist den Ostseepravinzen Russlands. Frei aus dem Ungarischen. Leipzig, 1874. 260 l.
Az északi osztják nyelv. Vologodszki fordításainak és orosz-osztják szótárának alapján, tekintettel mind Castrén déli osztják grammatikájára, mind a Reguly hozta szójegyzékre s eredeti osztják énekekre. Bp., 1875. 234 l. + szótár 226 l.
Magyarország ethnographiája. Bp., 1876. 544. l.
Ethnographie von Ungarn. Mit Zustimmung des Verfassers in’s Deutsche übertragen von J. H. Schwicker. Bp., 1877. 446 l.
Ukkonpohár. A régi magyar jogi szokásnak egy töredéke. Bp., 1879. 32 l.
A székelyek. Felelet a székelyek scytha-hun eredetűségére. Bp., 1880. 79 l.
A Kún- vagy Petrarca-codex és a kúnok. Bp., 1881. 49 1.
Die Ungern oder Magyaren. Wien u. Teschen, 1881. 254 l.
A magyar tudományos Akadémia és a szómi irodalmi társaság. Bp., 1882. 37 l.
Ugor vagy török-tatár eredetű-e a magyar nemzet? Bp., 1883. 39 l.
Emlékbeszéd Lönnrot Illés, a m. t. Akadémia kültagja felett. Bp., 1885. 32 l.
Neuere Erscheinung der rumänischen Geschichtsschreibung.Wien u. Teschen, 1886. 252 l.
Der Ursprung der Rumänen.Wien, 1888. 48 l.
Az aranyos-széki mohácsi nyelvemlékek. Bp., 1890. 18 l.
Az oláhok története. I–II. Bp., 1894–95. Sajtó alá rendezte Réthy László.
Napló 1888–49. Bp., (megjelenés előtt) Ugor–magyar–finn mythológiai töredékek.