Zsigmond a leírt polgárháború egész ideje alatt Prágában volt, ahova a huszita ügyek dűlőre juttatása és a cseh trón körül fennálló bonyodalmak elintézése érdekében 1436 nyarán újból kiment. A tárgyalások itt eleinte elég jó mederben folytak, úgy hogy Zsigmond 1437 február 14-én Borbála nejét is megkoronáztathatta cseh királynévá. Ámde közben a folyton gyanakvó husziták, nemkülönben Zsigmond erőszakoskodásai velük szemben, újból mindent elrontottak s azonkívül még újabb bonyodalmak is végkép elkeserítették az utóbbi időben állandóan betegeskedő királyt. Borbála királyné ugyanis férje halálát közeledni látván, testvérével Cillei Frigyessel titkon megállapodásra igyekezett jutni a huszitákkal, hogy férje halála után vejének, Albertnek kizárásával ő legyen a trónutód. Kapóra jött ugyanekkor III. Ulászló lengyel királynak, az 1434 május 31-én elhalt Jagello Ulászló fiának követsége, mely azzal az ajánlattal érkezett Prágába, hogy miután Zsigmondnak sem nejétől, sem Erzsébet leányától fiúörökösei nincsenek, fogadná őt, Ulászló királyt és Kázmér öccsét fiának s adja nekik nőül a maga unokáit, Albert leányait s velük együtt országainak örökségét. Zsigmond nem adott határozott választ a követeknek, ellenben Borbála titkon oly ajánlatot tett nekik, hogy Zsigmond halála után a még csak 14 éves Ulászló vegye őt (a 48 éves asszonyt) nőül s ilyenformán egyesíttessék Csehország Lengyelországgal. De ez a titok hamarosan kipattant és Zsigmond füleihez is eljutott, aki ily körülmények között már az életét sem érezvén biztonságban Prágában, nyomban útra kelt Magyarország felé, hogy ott is elejét vegye neje esetleges fondorlatainak. Azonban útközben Znaimban oly bágyadtság fogta el, hogy utazását tovább nem folytathatta. Hogy neje machinációinak véget vessen, parancsot adott Borbálának és testvérének, Frigyesnek, elfogatására. Utóbbinak azonban sikerült megmenekülnie, míg Borbálát Albert vette őrizet alá. Ily izgalmak között lehelte ki lelkét a 70-ik évében levő király magyar királyságának 51-ik évében 1437 december 9-én, megintve a cseh és a körülötte levő magyar főurakat és rendeket, hogy halála után Albertet fogadják el királyul. Zsigmond holtteste, kívánságához képest, Nagyváradon temettetett el első nejének, Máriának hamvai mellé.