A Balaton nemcsak kedvelt kirándulóhely, hanem – geofizikus szemmel nézve – olyan, sima felszín, amelyen át jól vizsgálhatjuk a Pannon-medence mélyebb szerkezetét. A tó már csupán elhelyezkedéséből adódóan is izgalmas kutatási terület. A Dunántúli középhegység déli lábánál fekszik, ahol a paleozoikumi-mezozoikumi aljzat („alaphegység”) a felszínre bukkan, s a pannóniai rétegek észak-északnyugat felé kiékelődnek. Az a neogén üledéksor, amely a Pannon-medence egyes részein több kilométer vastagságú, itt csak pár száz méter vékony, igaz, üledékhézagok tarkítják.
Vízi szeizmikus mérést már korábban is végeztek a Balatonon (Cserny Tibor és Ruben Corrada), ez a kutatás azonban a holocén tavi üledékekre irányult. Az újabb mérések már a pannóniai üledékeket is megkutatták. Behatolás alapján sorbaállítva a dunai, a tiszai és a balatoni mérést, utóbbi a maga 200 méteres mélységével középre kerül. A szelvények értelmezésekor a mélyfúrások és feltárások adatait, valamint a korábbi szeizmikus méréseket is figyelembe lehetett venni.
A Balaton bemutatott helyszínrajzán a szeizmikus szelvények nyomvonala látható. Kivastagítottuk azon, utolsónak bemutatott szelvényünket, amely a Tihanyi-félszigettől indul és a déli parttal párhuzamosan haladva Siófok előtt ér véget.
A tó alatt három fő unkonformitást különíthetünk el. Közvetlenül a holocén tavi üledékek alatt található a legfiatalabbik, amely szárazföldi eróziós felülethez kapcsolódik és felső-pannóniai rétegeket fejez le. Ennek döntő fontossága van a tókeletkezés magyarázatában (lásd alább). Az e felület feletti tavi üledékek átlagos vastagsága 5 méter, ezek szeizmikus képét folyamatos, egymással párhuzamos reflexiók jelzik. A legidősebb tavi üledékekbe fúrások is mélyültek, s a minták abszolút kora 14C (radiokarbon)-kormeghatározás alapján 12000–14000 évnek adódott (Cserny Tibor és Ruben Corrada). Így határfelület a miocén végétől csaknem a holocénig tartó üledékhézagot jelöl.
A balatoni kutatás helyszínrajza. Kivastagítva az alul bemutatott szeizmikus szelvény nyomvonalát láthatjuk
A Pan-2 jelű unkonformitás szintén jelentős szárazföldi lepusztulási időszakkal függ össze, amely a dunántúli medenceperemi részeket jellemzi. Ez a felület feltárásokban is megfigyelhető; kialakulását Marco Sacchi és társai tektonikus és vulkanikus tevékenységgel magyarázzák. Mivel a felület a tihanyi piroklasztitokkal van rétegtani kapcsolatban, utóbbiak K/Ar-radiometrikus vizsgálata jó becslést adott az unkonformitás korára (7,5 ± 0,5 millió év).
A Sar-1+Pan-1 jelű unkonformitás nem más, mint a szarmata mészkő és márga teteje. Ez egy olyan újabb eróziós felület, amelyet a szarmata korszak végétől a pannóniai elejéig húzódó üledékképződési hiány jellemez.
A szeizmikus szelvényen jól látszik, hogy a holocén tavi üledékek alatt fekvő pannóniai rétegek erősen deformálódtak. A deformáció főleg a neogén medenceüledékek lerakódása után zajlott, jellemzőek az enyhe gyűrődések és a délnyugat-északkeleti oldalelmozdulások.
A teljes szelvényhálózat elemzésekor szembeötlő volt a medence és a medenceüledékek délkeleti dőlése. A medenceüledékeket mindenütt lefejezi az erózió. Ez a kifejlődés a Dunántúli-középhegységnek az újharmad-negyedidőszak során bekövetkezett megemelkedésével magyarázható, amely a legfiatalabb unkonformitás hatalmas üledékhézagát okozta.
Balatoni szeizmikus szelvény (alul) és értelmezett változata Marco Sacchi nyomán. A Sar-1+Pan-1 és Pan-2 jelek markáns diszkordancia-felületeket jelölnek. A túlmagasítás 20-szoros
Mi mondható a tó eredetéről? A tómedence kialakulását sokféleképpen magyarázzák. Klasszikusnak számító elméletében id. Lóczy Lajos és Cholnoky Jenő árkos besüllyedést feltételeztek a Dunántúli-középhegység déli lábánál, amit Cholnoky szerint a szélerózió is továbbmélyített. Cholnoky úgy gondolta, hogy az északi parttal párhuzamosan futó két vető között, árokszerűen süllyedt meg a terület, Lóczynak viszont az volt a véleménye, hogy a Balaton medre több különállóan süllyedő medencéből jött létre a víz abráziós tevékenységével. Más szerzők a szél pusztító munkája helyett a folyóvízi eróziót tartották fontosnak, megint mások – újabban – szakaszos, a középső-pleisztocénban kezdődő szerkezetalakító mozgásokkal magyarázzák a tómedence kialakulását.
A szeizmikus mérések nem mutatnak peremi töréseket a Balaton medre körül. A szelvényeken ugyanakkor – mint említettük – világosan látszik, hogy a holocén tavi üledékek markáns eróziós felszínre települtek. Ez úgy magyarázható, hogy a Balaton medencéje folyamatosan emelkedő, következésképp pusztuló térszínen alakult ki az erősebben emelkedő Dunántúli-középhegység mögött. A tómedence tehát elsősorban az eróziónak köszönhette kialakulását, a tektonika csak másodlagos, az alakot előrejelző szerepet játszott.