Báthori Kristóf halála után (1581. május 27.) a rendek 8 éves fiát, Zsigmondot ültették a fejedelmi székbe, kinek nevében előbb 12, majd 3 tagu tanács, végre Giczy János váradi kapitány rendeltetett az ország kormányzójává. (Szűcs István i. m. I., 214).
Báthori Zsigmond szakítván elődei politikájával, már 1590-ben, midőn nagykoru lett, kötelezte magát, hogy el fogja ismerni Rudolf fenhatóságát, majd nőül nyerte a császár nagybátyának leányát, Mária Krisztinát. Bihart Váraddal együtt Rudolfnak szándékozott átengedni. Várad túlnyomólag protestáns polgársága, Király György várkapitánynyal az élén, tiltakozott ugyan a vár átadása ellen, azonban Zsigmond 1587. június 2-án erélyes tartalmu leirattal utasította őket rendre (Szűcs István i. m. I., 217).
A törökingerlő politika csakhamar megtermé keserű gyümölcseit. Mező-Keresztesnél (Heves várm.) 1596. október havában a III. Mohamed személyes vezetése alatt álló török had szétverte a keresztény sereget, honnan Báthori Zsigmond, Nádasdy Ferencz fedezete alatt vonult be Erdélybe. A visszatérő Nádasdyt az elbizakodott szolnoki bég Debreczen és Ujváros között megtámadta, de vesztére, mert Nádasdy vitéz katonái mintegy 600 törököt levágtak (Szűcs István i. m. I., 221). Báthori Zsigmond 1598-ban másodizben lemondott az erdélyi fejedelemségről, de a háboru tovább folyt.
Várad parancsnoka Rödern Menyhért császári tábornok lett, melléje ezredesi rangban, Király György az előbbi várkapitány, rendeltetett. 1598. szeptember havában a török készülődésének hírére Rödern sziléziai gyalogosokat rendelt a várba, azonkívül 1500 gyalogost Püspökiben szállásolt el, Rottwig Menyhért vezérlete alatt. Saturelschi szerdár 14,000 főnyi hadával szeptember 24-én már Várad felé közelgett, maga előtt hajtva a föld népét. Szeptember 25-én több falu felégetése hirdette a török sereg jelenlétét, mely tábort ütvén, szeptember 26–28-án megkezdte a város lövetését.
A várbeliek helyzete nem a legkedvezőbb volt. Már az első napon Patócsi Pál és Vajda Ferenc kapitányok 350 darabanttal megszöktek, a lovasok közül is zsoldhiány miatt többen elillantak. A császári vezér csakhamar erélyes ellentálláshoz fogott.
Miután látta, hogy a város tarthatatlan, 30-án felgyujtották, s a fegyverfoghatókat a várba rendelték. A városba tóduló törökök közül egy hajducsapat sokat levágott. A vár védelme a következőleg oszlott meg: a földsáncz védelme Király Györgyre, a palota melletti királyfi bástyáé Nyáry Pálra s a Velencze felé néző, Ribisch Gottfried alezredesre bizatott. Október 4997-én a hajduk kirohantak, mely alkalommal Király György megsebesült és sebeiben október 23-án meg is halt. Október 20-án, 21-én és 22-én volt a leghevesebb roham, mely alkalommal Nyáry Pál különösen kitüntette magát. Október 25-én a Körös jött segélyére az ostromlottaknak. A folyó vize az esőzések következtében erősen megáradván, a törökök sánczait elöntötte. Október 26-án, majd november 1-én még egy utolsó kétségbeesett rohamot vezényelt a szerdár a Ribisch Gottfried parancsnoksága alatt álló bástya ellen, de ez is sikertelen maradt.
Nagyvárad ostroma 1598-ban.
Az orsz. képtárból.
November harmadikán a török minden előzetes alkudozás nélkül elvonult a vár alól. Szalontán át Szeged felé vette útját, útközben számos falu a lángok martaléka lőn. Ekkor pusztult el első ízben Szalonta, Kölesér, Szil, Barmód, Csömeg, Kis- és Nagy-Vásári, Répás Keszi, Pata, Őssi-Pata, Andacs, Mező - Gyarak, Mező - Panasz, Simonkerék és Orosi.
Mihály havasalföldi vajda.
Az orsz. képtárból.
Rődern Menyhért a 2000 főnyi hadából megmaradt 700 vitézével másnap hálaadó istenitiszteletet tartott. (Rődern tudósítása: Tört. tár. 1878. évf., 1011.). Távozása után Nyáry Pál lett Várad kapitánya. E tettvágyó férfiu most támadólag lépett fel a törökök ellen, 1599-ben Bélavárt vette ostrom alá, de ez a természettől védett vár az ostromot sikerrel kiállotta (Szádeczky : Mihály havasalföldi vajda, 79. l.); még ez év szeptember 27-én Sarkadot foglalta vissza, mely alkalommal katonái 80 törököt levágtak, sok asszonyt és gyermeket elfogtak. Sarkadot azonban a gyulai bég már a következő év (1600) február havában visszafoglalta, mikor is 400 magyar vitéz esett áldozatul a törökök dühének.