A jeruzsálemi Szent János-lovagrend győri rendháza egyike volt azoknak, a melyek a XIII. század elején már fennállottak. Legrégibb adatunk e rendházról III. Incze pápa 1209. évi levele, melyben a győri püspököt meginti, hogy a János-lovagoktól tizedet ne követeljen. Régi társházuk s keresztelő Szent János tiszteletére szentelt egyházuk a Királyföld alsó szélén állott, de valószínűleg 1271-ben, akkor, a midőn V. István király Győr város lakói részére kiváltságlevelet adott és a lakosságot a mai belvárosba telepítette, a János-lovagok is oda költöztek. Rendházuk a Szent János-utczában állott, ez az utcza tőlük vette a nevét s az 1617. évi telekkönyv szerint az új bástyától a magyar bástya mögötti górvédig húzódott. Ez az utcza még a XVIII. században is »Johannes Gasse«-nak neveztetett; egyik része a mai Kovács-utcza.
A János-lovagoknak Győrött kórházuk és fürdőjük is volt. Fürdőjük az egykori várterületen állott, melyről IV. Béla király 1238. évi oklevele is megemlékezik. (Fejér, IV. 1. 107.) Legrégibb birtokaik a mai Nádorvárosban voltak, majd az övék lett Kóny helység is, melyet Endre fia, Péter, II. Endre király beleegyezésével 1228-ban a templomos lovagoknak adományozott (Fejér, VII. 1. 77.) a mely valószínűleg a Templomos-rend eltörlése után került a János-lovagok birtokába. A Kónyra vonatkozó adománylevelet utóbb 1491. decz. 13-án Simon lovagfőnök kérésére II. Ulászló király átírta és megerősítette. (Hazai Okmt. II. 372.) Ezen kívül még az écsi és a nyuli szőlőhegyeken volt több szőlőjük, de a győri házhoz, miként azt I. Mátyás király 1486. évi adománylevele is hangsúlyozza, igen csekély jövedelmet hajtó birtokok tartoztak. Beriszló Bertalan vránai perjel, hogy a győri lovagok jövedelmeit szaporítsa, 1512-ben a tolnavármegyei Fadd, Varasd, Galavit és Gyara (talán Gyánt) helységeket adományozta a rendháznak.
Rhodus szigetének, a rend akkori székhelyének eleste, majd a mohácsi vész nagy változást idézett elő a győri rendházban is. A lovagok, a kik a nagymester hívő szózatára útnak indultak, többé nem tértek vissza. Márk, akkori lovagfőnök, miután nem bírta a rend jószágait megvédelmezni, Kónyt 1530-ban Sibrik Máténak adta bérbe. Ez a Márk mester alighanem az a Velikei Márk szentadalberti prépost, a kinek kérésére a vasvári káptalan 1546-ban bizonyos okíratokat ír át. (Győri Kápt. Lev. Czím Theka IX. 681.) Velikei Márk utóbb győri nagyprépost, 1549-től 1559-ig bírta a János-lovagrend javadalmait. (U. o. Czím Theka V. 177 B. IX. No. 729.)
Velikei Márk halála után I. Ferdinánd király Gregoriáncz Pál győri püspök kérésére Kóny helységet a győri püspök és a káptalan gondozása alá bocsátotta, a rendház főnökségét pedig Oláh Miklós érsek Szebeni Lysthi Sebestyénnek adományozta. (Rupp Jakab: Magyarorsz. Helyr. Tört. I. 2. 429.) De ekkor már a győri lovagfőnökség puszta czímnél egyéb nem lehetett s a János-lovagoknak a várfalakon kívül álló temploma is romban hevert. Alkalmasint János-lovagoké volt a Bársonyos melletti Szőlős egy része is (4 1/2 eke, vagyis 540 hold), a tatárjárás előtti korszakban, bár Erdélyi László (A Pannonh. Szent Benedekr. Tört. I. 264–265.) szerint a templomosok voltak ott birtokosok. A fennmaradt oklevelekből pontosan nem állapíthatjuk meg, hogy templomosokról vagy pedig János-lovagokról van-e szó.