Gregoriáncz Pál 1559-ben a János lovagrend egykori birtokát, Kóny helységet szerezte meg a káptalan számára, ama kötelezettséggel mégis, hogy az akkori egy tantermű elemi iskolát a káptalan számára fenntartsa, a mely kötelezettségének napjainkig megfelel. E birtok miatt sok viszály volt a püspök és a káptalan között, míg végre Széchenyi György kalocsai érsek és győri püspök 1684 áprílis 8-án Kóny községet átengedte a káptalannak.
De a káptalan sok zaklatásnak volt kitéve Győrött. 1567 táján, midőn a város erődítési munkálatait megkezdték, a káptalan birtokához tartozó területet is belevonták a védművekbe, ekkor a káptalanbelieknek a várdombot, a székesegyház és a püspöki lak táját jelölték ki lakóhelyül, de itt sem maradhattak meg háborítatlanul, mert például 1566-ban Teuffel Kristóf élelmezési tiszt elfoglalta az őrkanonok lakását, s azt a káptalan tiltakozása ellenére, még 1576-ban is megszállva tartotta. A viszontagságos időkben a székesegyház 1567-ben már oly rossz karban volt, hogy az istentiszteletet az alsóvárosban, a Szent István vértanú tiszteletére szentelt templomban tartották. Ez a templom a székesegyház után a legrégibb egyháza volt Győrnek; még 1592-ben a katholikusok birtokában volt, de utóbb a protestánsok foglalták el.
A székesegyházat, midőn Győr török kézre került (1594 szept. 29.), erődítvénynyé, sekrestyéjét és kápolnáját lőpor-raktárrá alakították át, a templom egyéb részeiben pedig lóistállók állottak. (Rupp I. Magyarorsz. Helyr. Tört. I. 2., 419. A győri kápt. magán-levéltára.) A törökök folytonos támadásai miatt a káptalan nem érezte magát közbiztonságban Győrött, ezért már az 1576. évben egybehívott országgyűléshez előterjesztést intézett, Szombathelyre való áttételét kérve, de ez akkoriban elmaradt, ellenben időközben Győr elesett és a káptalan Sopronban húzta meg magát; csak az 1599 : XLII. törvényczikk rendelkezései folytán került vissza Győrbe.
A protestáns hitet a mohácsi vész után főleg Bakits Pál és veje, Czobor Imre terjesztették az ő földesuraságuk alá eső helységekben. Így terjedt az újított hit Hédervárott, hol követői 1544-ben már superintendenst is választottak, 312továbbá Patason, Pataházán, Rábaszentmihályon. Még hatalmasabb pártfogót nyert a protestáns hit Enyingi Török Bálintban, a ki 1536-ban Móriczhida egy részére nyervén adományt, az újított hitet Móriczhidán kívül, Babóth, Gyömöre, Böny, Ságh, stb. helységekben levő jobbágyai között terjesztette. De Győrben is mindegyre nagyobb tért foglalt a protestantizmus. 1567-ben az újított hit követőinek már három papjuk volt Győrben. A XVI. század végén ugyan a protestáns lelkipásztorokat kiűzték a városból, a kik 1600-ban az újvárosban telepedtek le, 1613-tól kezdve azonban mindkét protestáns felekezet követői Pataházán vettek egyházépítésre alkalmas birtokot, hol 1647-ig tartottak istentiszteletet. (Fehér Ipoly i. m. 626.) Azokban a falvakban, a melyek a török hódoltsághoz tartoztak, még a XVII. században is a protestáns elem volt a túlnyomó, mint Mindszent, Tápszentmiklós, Gyarmath, Kis-Baráth, Kajár, Malomsok, Szemere, Pécz; az utóbbi helyen 1652-ben katholikusok és protestánsok vegyesen laktak. A török hódoltsági részekben lakó katholikusoknak leginkább a győri Ferencz-rendűek tartottak isteni tiszteletet, a kik ezernyi veszélylyel daczolva, bejárták az árván maradt egyházakat, új erőt és kitartást öntve a csüggedőkbe.
A Mária-tartomány írataiban ugyan a győri rendházat már az elpusztúlt kolostorok között említik, de templomuk fennállott; bizonyítja az az eset, hogy 1557-ben feljelentést intéztek Enyingi Török Ferencz ellen, a ki a katholikus szertartások kigúnyolására udvari bolondját barát-csuhába öltöztetve, szamárfülekkel, ép Szent Ferencz ünnepén a templomukba küldötte, az isteni tisztelet megzavarása végett. (Győri káptalan magán-levéltára.)
Győr eleste után (1594) valószínűleg a Ferencz-rendűek voltak az egyedüliek, a kik Győr vármegyében a hívők lelki szükségleteit kielégítették.