A márianosztrai pálosok már közvetetlenül a mohácsi vész után érezték a török támadás súlyát. A mikor Szulejmán a mohácsi csata után Budát megszállotta, egyes martalócz török csapatok messze vidéket bekalandoztak. A pálosok ekkor Visegrád várába menekültek, a hol a csekély számú földmívelő néppel bámutalos kitartással védekeztek. A mint a török kitakarodott, a pálosok visszatértek Márianosztrára, hol egy ideig háborítatlanul éltek. 1535-ben Bálint, a rend egyetemes főnöke, Márianosztrán nagy káptalant tartott. A törökök előrenyomulásakor főleg Drégely eleste után, a monostor ki volt téve a törökök támadásának. 1560-ban még fennállot és ekkor Máté volt a házfőnök; de nemsokára ezután a szerzetesek elköltöztek, a monosotrt pedig tartozékaival együtt 1570–1580-ig a Forgách-család birta zálogban. A monostor azonban nem állhatott ellent az idők viharainak; csakhamar rombadőlt és így maradt egészen a szatmári békéig. A szatmári békekötés után (1711.) a márianosztrai kolostor is visszaállíttatván, a pálosok visszanyerték az ősi birtokok közül Nosztrát, Csattát és Toronyát, azonfelül Nagymaroson, Belegen, Nagylóczon (Nógrád vármegye), Garammikolán Gyékényes és Schwarzbach (Pozsony vármegye) helységekben szereztek birtokokat. Kurpesz Pál perjel 1711-ben elhányatván a romokat, hozzáfogott a monostor és a templom felépítéséhez, melyre Széchenyi György esztergomi érsek 17.000 foritot hagyományozott. 1728-ban az orgona is elkészülvén, a következő évben (1729. szeptember 14-én) gróf Berényi Zsigmond, Esterházy Imre primás oldalkanonokja felszentelte. 1735-ben a rendet visszahelyezték a jogaiba és a pálosok 1782-ben történt eltörléséig zavartalanúl működhettek Márianosztrán, hol az 1779. évi kimutatás szerint 24 áldozópap, tíz ujoncznövendék és 12 szolgáló testvér (fráter) tartózkodott. Itt töltötte a próbaévet, mint ujoncznövendék, Ányos Pál is, a ki itt tartózkodása alatt írta egyik szép költeményét a »Holdhoz«. II. József 1782-ben a rendet eltörölvén, a márianosztrai monostor birtokait a vallásalaphoz csatolták. Az eltörlést követő intézkedésekről alább emlékezünk meg. A templom 1787-től kezdve plébánia-egyházzá lett, a monostor 1809-ben a felkelő nemes sereg kórháza lett, majd 1854-ben női fegyházzá alakíttatott át. (Rupp i. m. I. 1.)