Deák ténykedéséről az 1849 júniusa utáni napokban semmit sem tudunk. Életrajzírója szerint egy ideig ő is bujdosott, így 1849 őszén néhány hétig Vas Gerebennek, a Nép Barátja egykori szerkesztőjének kíséretében Felsőnyéken, Komáromy István pap házában tartózkodott.
A kortársak között felvetődött a kérdés, vajon Deákot miért nem ítélték el? A magyarázatot – meglehetősen nyakatekert módon – Törzs Kálmán adta meg. “Deák Ferenczet nem bántották, még csak kihallgatásra se idézték. Miért nem? nem szolgált rá 218talán, hogy a szabadság és honfiérdem többi mártyrjának osztozhassék koszo-ruiban? Azt hisszük, ezt föltételezni tévedés lenne”. Hányan voltak olyanok, “akiknek szereplése pedig korántsem esett oly nagy beszámítás alá a diadalmas reactió szemében, mint a Deáké!” Törzs szerint Deák elítélése azért maradt el, mert a győztes hatalomnak ugyan lett volna reá ereje, “de azt nem tudták volna elhitetni, hogy törvényt szegett, hogy jogtalan ügy érdekének szolgált. (...) Azt a bélyeget, hogy igazságtalanul járnak el, Deák elítélésével rányomták volna nyilván a világ előtt minden általuk hozott egyéb ítéletre is”. Az érvelés tetszetős, de nem állja meg a helyét. Deák elítélése az adott körülmények között fel sem merült, nem is igen merülhetett. A cs. kir. megtorlás a kortársak számára esztelen bosszúhadjáratnak tűnt, s kétségkívül voltak ilyen elemei is. Azonban némi logika mégiscsak volt az eljárásokban. Deák elítélésének jogi alapját csak az képezhette volna, hogy jelen volt az országgyűlésen az október 3-i manifesztum megérkezése után is.
1849. szeptember 1-én Haynau hirdetményben szólította fel a honvédseregben szolgálatot vállalt volt cs. kir. tiszteket, a felkelőkhöz átlépett katonai és polgári hivatalnokokat, a képviselő- és felsőháznak a magyar országgyűlés munkájában 1848. október 8. után résztvevő tagjait, az OHB ezután működő tagjait, a kormánybiztosokat, önálló sereg- vagy csapatparancsnokokat, a katonai és polgári közigazgatás vezetőit, végül a rögtönítélő törvényszékek közvádlóit és bíráit, hogy a cs. kir. katonai kerületi parancsnokságoknál vagy haditörvényszékeknél három hónapon belül jelentkezzenek. Máskülönben “a törvények értelmében ellenök indítandó nyilvános per következményeit magoknak fogják tulajdoníthatni”.
A hirdetmény lényegében kijelölte azoknak a körét, akik a megtorlás potenciális alanyai voltak. Ennek alapján olyan képviselők ellen is újabb eljárást lehetett indítani, akik 1849 januárjában nem jelentek meg Debrecenben, hanem jelentkeztek a cs. kir. hatóságoknál, s azok nem büntették meg őket. Eszerint tehát az 1848 szeptemberében eltávozott szász képviselőkön kívül mindenki ellen igazolási eljárást kellett volna lefolytatni. Az OHB tagjai közül ez érintette volna pld. Sembery Imrét és id. Páz-mándy Dénest is, de e pont hatálya alá esett maga Deák is.
Deák esete azonban speciális volt. Egyrészt azért, mert az 1849 januári békekövetség után nem vett részt a magyar országgyűlés munkájában, s maga Windisch-Grätz sem fogatta perbe, noha a békekövetség egy másik tagját, Batthyány Lajost letartóztattatta, s eljárást indíttatott ellene. Deák 1849 áprilisa után sem tért vissza az országgyűlésre, s ilyen módon az ellene indítandó eljárásnak nem volt jogi alapja. Az 219általunk ismert iratokból úgy tűnik, hogy a győztes fél egyetlen mértékadó csoportjában sem vetődött fel az a gondolat, hogy Deák ellen eljárást indítsanak.
A szeptember 1-jei rendelet azonban Deákra is vonatkozott, ám ő maga nem sietett a jelentkezéssel. Tolnay Károllyal, a megye egy másik képviselőjével csak november 7-én indultak Pécsre, ahová november 8-án érkeztek. Zala megye ekkor a pécsi katonai kerülethez tartozott. Deák és Tolnay jelentkeztek Karl Wernhardt vezérőrnagynál, a pécsi katonai kerület parancsnokánál. Wernhardt közölte velük, hogy Pécsett megszűnt a hadbíróság, de egy hadbíró százados az 1. (Császár) könnyűlovas ezredből meg van bízva a képviselői nyilatkozatok átvételével és Pestre küldésével. Deák és Tolnay ezután felkeresték az illető hadbírót, átadták neki nyilatkozatukat, s megkérdezték tőle, hogy hazamehetnek-e, vagy Pestre kell-e menniük? A hadbíró azt felelte, hogy erről megkérdezi Wernhardtot, s annak rendeletét tudatni fogja. Még november 8-án este 7-kor közölte Deákékkal, hogy szabadon hazamehetnek, s nyilatkozatukat továbbítani fogják.
1849. december 4-én Haynau hadseregparancsnoki rendeletben közölte, hogy csak azok ellen kell igazoló eljárást lefolytatni, akik Debrecenben “a rebellisek konventjének tárgyalásaiban” részt vettek. Ezzel Deák is kikerült a felelőségre vonhatók köréből. Ám 1850 elején Bogyay Lajos zalai cs. kir. megyefőnök felszólította Deákot egy újabb nyilatkozat beküldésére. Deák 1850. március 13-án Kehidán írott válaszában közölte, hogy eddig azért nem adott be újabb nyilatkozatot ténykedéséről, mert ez Wernhardt és a hadbíró százados iránti bizalmatlanságra mutathatna; ám ha kívánják, ismét beadja nyilatkozatát. Kraft százados, törzshadbíró 1850. május 17-én Pesten írott jelentésében közölte Euthym Nedelkovich törzshadbíróval, hogy Deák az 1849. december 4-i hadseregparancs alapján “nem tartozik azok kategóriájába, akik ellen hadbírósági vizsgálatnak még helye lehet”. Nedelkovich másnap ad acta tette a Deákra vonatkozó vizsgálati iratanyagot, s Deáknak bizonyítványt adott ki a vizsgálat megszüntetéséről. Ennek alapján elképzelhető, hogy Deák a vizsgálat befejezésekor Pesten tartózkodott, de az is lehet, hogy postán kapta meg a bizonyítványt.
Takács Ferenc joggal állapítja meg Deák abszolutizmuskori pályáját taglaló monográfiájában, hogy “1849 után a hazai polgárosodásért folytatott küzdelem vezetői közül cselekvőképes politikusként egyedül Deák maradt itthon, így az ő nevéhez 220kötődött a magyarországi polgárosodásért folytatott küzdelem lezárása”. Nemkülönben találónak mondható Fekete Sándor megjegyzése arról, hogy Deák szolidaritásból vállalt rebellisi pályát. “Azzal, hogy Deák vállalta 48-at, s még 49-cel szemben sem bontott zászlót, megőrizte a lehetőségét annak, hogy a továbbra is polgári átalakulást és nemzeti függetlenséget óhajtó nemesi, polgári, sőt részben népi tömegek változatlanul bizalmat táplálhassanak iránta. Azzal viszont, hogy a forradalom radikalizálódásának szakaszában csupán a csendes támogató, majd szemlélő pozíciójába vonult, egy későbbi szakaszban tárgyalóképessé tette magát a győztesek szemében is”.
A forradalom leverése után Deákról is különböző hírek terjedtek el. 1849. augusztus 26-án Lichtenstein György egy Magyarországról érkező levél alapján arról a hírről számolt be Pulszky Ferencnek, hogy Deák az osztrák kormányban magyar miniszter, míg Franz (Franjo) Kulmer horvát miniszter lesz. A börtönében naplóját emlékirattá kerekítő Leiningen-Westerburg Károly honvédtábornok “szerencsétlen prófétának” nevezte. Szilágyi Sándor 1850-es jellemrajzában idézte a közvélekedést: eddig Magyarország deák (latin nyelvű) volt, “s most Deák lett Magyarország”. Egykori minisztertársa, Szemere Bertalan azt írta róla, hogy Deák magányában olyan, mint egy eltiltott orákulum, akihez senki sem mer közelíteni, hogy tőle a 221jövendőt megkérdezze. A négy idézet más-más helyzetben keletkezett, egyet azonban jeleznek: 1849 augusztusa után Magyarországon Deák lett a jövő embere. Még ha bizonytalan is volt, hogy lesz-e jövő.