A város urai.
A város urai.
Mátyás királyunk 1463-ban, pünkösd ünnepén, a török ellen indítandó diadalmas boszniai hadjárat ügyében Tolnán országgyűlést tartván, Bajánál kelt át a Dunán, hogy Tomassevits bosnyák fejedelemnek segítségére siessen. Ugyancsak ő adományozta 1472-ben a Bajai családnak Bajai Andrásban történt kihaltával Baja és Pethe helységeket a Czobor család Imre, János és Márton nevű tagjainak. A család kezén, némi megszakítással, meg is maradt a birtok egészen annak utolsó tagjáig, gróf Czobor Józsefig.
A mohácsi veszedelem után alig nehány napra, 1526 szeptemberében, a győztes törökök bevonúltak Bajára is és elfoglalván az egész vidéket, közigazgatási kisebb székhellyé, nahijévé tették és a szegedi szandzsákságba és a budai beglerbégségbe osztották. 1542-ben Mehemed bég 300 besliával, vagyis önkéntes lovassal Baján állomásozott. A természettől is eléggé védett helyen a törökök párkányt, vagyis földvárat építettek, melyet Verancsics szerint 1553-ban az egri őrség elpusztított. Czobor Imrét 1579-ben fosztották meg bodrogvármegyei birtokaitól.
A török defterek, vagyis adólajstromok szerint, Bajának 1580-ban 18 és 1590-ben 22 adózó háza volt.
A hódoltság szomorú idejéből nevezetesebb eseményt nem jegyeztek föl a város krónikái. A város területe országútja volt a portának, midőn Budával valami dolga akadt; egyébként csak annyit mond róla Dzselálzáde Musztafa egykori történetíró, hogy Tojgun budai pasának akadt itt egy kisebb jelentőségű összetűzése magyar portyázókkal.
