Tordai Péter. Fejérkövi István. Baranyai Pál. Kutasi János.
Tordai Péter. Fejérkövi István. Baranyai Pál. Kutasi János.
A szerzetes-élet már kihalóban volt vagy ki is halt. Esztergomi prépostkanonok, tehát világi pap, Tordai Péter kapta meg a főapátság czímét (1563–66.). Be sem iktatták. Utána Fejérkövi István nyitrai püspök kormányozta a főmonostort, mely a várőrség gondatlansága miatt leégett. Több birtokát az építkezés költségére elzálogosították, több kincsét a püspök Nyitrára vitte. Miután e püspök esztergomi érsekké lett, lemondott rokona, Baranyai Pál javára, kit Rudolf azzal a meghagyással nevezett ki főapáttá (1593–96.), hogy elegendő benczést vagy világi papot tartson az istentisztelet czéljaira. De már 1594 közepén a Győr elfoglalására előnyomuló török nagyvezér Pannonhalmát is elfoglalta, templomi szobrait, mint bálványokat kihordatta s a négyzetfolyosó festett góthikus ablakait berakatta. Aztán Kutasi János prímás bírta a főapátság czímét, melynek várát 1598-ig a török, azután jövedelmeivel együtt a győri főkapitányok tartották kezökben.
